Um im Shop-Backend Artikel mit anderen Dateiendungen hochzuladen, müssen diese freigeben werden.
Dieser Whitelist Eintrag wird in der
/conf/database.php

define('_SYSTEM_EXTENSION_WHITELIST','jpg,gif,png,jpeg,zip,exe,gz,pdf,doc,xls,rar,dmg,epub');

hinterlegt. Im meinem Fall war es das epub Format.